如果確保主流程沒有問題后，便可以在軟件中編寫程序了。此外，還要注意停止、急停和復位程序的正確性，尤其是停止和急停程序，這是關系到人身安全和設備安全的最重要的程序，萬萬不可小視。一定要保證無論在任何情況下，只要執行停止或急停程序，設備絕對不會對人身造成傷害。
再有，任何設備都有自己的初始位置，一般的設備在說明書中都規定了設備的安全的初始位置。如果沒有，要仔細研究其初始位置，保證初始位置的合理性。
第六步：調試程序
在調試程序這一步中，可以分成兩個方面。
1．如果條件允許，或是你的邏輯能力，可以先用軟件的仿真功能做測試，但是很多繁瑣的程序很難用軟件仿真看出程序是否正確。
2．將程序下傳到PLC中進行在線的調試。如果設備不動或運行中出現異常情況，先不要去修改程序，很可能是傳感器沒有調試到位，如果確保傳感器無誤，再去修改程序。
第七步：調試完成后，再次編輯程序
在上一步的調試中，由于對程序有所修改，故必須再次整體檢查或編輯一下程序，然后將最終的程序下傳到PLC中。
第八步：保存程序
在這一步中，要注意一個問題，就是應該將程序保存在什么地方？PC硬盤？閃存設備？移動硬盤？當然這些都不可以，所有這些存儲設備都可能感染病毒。所以，必須且只能將程序燒制到光盤上。而且還有一個問題，燒制的程序是哪個程序？在之前我們已經將最終調試并修改完成的程序下載到PLC中，如果PLC在執行該程序時無誤的話，就將該程序上傳到PC中，將此程序燒制到光盤中。
上面的一切都是為了安全。
第九步：填寫報告
完成編程后，應該填寫最后的調試報告，將遇到的問題和程序的一些難點問題一一記錄下來。因為長時間以后，自己也會對程序的某些技巧的地方遺忘，同時也方便其他同事能夠理解你所編寫的程序。

PLC除了用于開關量控制、定時、計數的基本指令外，還有大量的應用指令，有的plc的應用指令多達數百條。
      對于應用指令，初學者非常困惑，不知道哪些指令重要、哪些指令常用，應該怎樣學習它們。這些指令可以分為下面幾種類型：
      1．屬于幾乎所有計算機語言都有的指令，例如數據的傳送、比較、移位、循環、數學運算、字邏輯運算、數據類型轉換等指令。
      這類指令非常重要，它們與計算機的基礎知識（例如數制、數據類型、尋址方式等）有關，應通過例子和實驗了解這些指令的基本功能。學好一種型號的plc的這類指令，再學別的plc的同類指令就很容易了。
      2．與順序控制程序有關的指令。這類指令中，fx的stl指令設計得最好，用stl指令設計的梯形圖與順序功能圖之間有明確的對應關系，因此易于理解和使用，設計的程序比其他方法設計的短，可以節約大量的設計時間。
      s7-200的scr（順序控制繼電器）指令和歐姆龍的步指令（step/snxt）也用于編寫順序控制程序。
      建議在學習這類指令之前，首先學習順序功能圖（見作者編寫的plc教材）。
      3．與plc的高級應用有關的指令，例如與pid控制、運動控制、高速輸入/高速輸出、通信有關的指令，這些指令也很重要。某些指令需要學習有關的專門知識，才能正確的理解和使用它們。
      4．與plc特定的硬件、軟件有關的指令，例如讀寫特殊模塊和模擬電位器的指令，s7-300/400讀取數據塊長度和編號的指令等。
      5．與某些特定的工程應用有關的指令。例如fx的凸輪順控指令和旋轉工作臺控制指令。
      學習應用指令時，可以首先按指令的分類瀏覽所學的plc有哪些應用指令，它們用來干什么，便于在需要的時候能找到手冊或幫助中的指令說明。初學時沒有必要花大量的時間去了解應用指令的詳細使用方法，更沒有必要記硬背它們。重點是了解指令的基本功能。
      可以采用需要什么學什么的方法，重點學習讀程序、編程序時遇到的和需要使用的指令，沒有用到的指令暫時不管它。在閱讀或編寫程序時如果遇到不常用的指令，可以通過編程手冊了解它們的詳細使用方法。
      如果編程軟件有指令的在線幫助，選中指令列表或程序中的某條指令，按一下f1鍵，就可以看到該指令的大量細節，例如指令各參數的數據類型、可用的存儲區、參數的意義，指令的功能和應用實例、指令的執行對狀態字或有關標志位的影響等。
      與學外語不能只靠背單詞，應主要通過閱讀和會話來學習一樣，要學好plc的應用指令，也離不開實踐。一定要在讀程序和編程序的過程中學習應用指令。